Fundada em 1997 por Aberaldo Luiz Raffs Machado, a M3 Express surgiu para atender a uma demanda do mercado no setor de logística aérea. Foi a primeira agência de cargas de Florianópolis a obter as credenciais do antigo DAC (atualmente ANAC) e do SNEA.

Em 1998, a M3 Express fortaleceu sua relação com as companhias aéreas, tornando-se representante de cargas da Rio Sul Linhas Aéreas e, posteriormente, da Varig Linhas Aéreas. Em 2001, tornou-se franqueada da VarigLog e, em 2010, migrou suas operações para a Azul Linhas Aéreas.

Desde a sua criação, a M3 Express também tem atuado no mercado de distribuição de cargas e encomendas em Santa Catarina, representando agentes de todo o Brasil e mantendo contratos com a Empresa Brasileira de Correios e Telégrafos.

Ao longo de sua trajetória, a M3 Express tem seguido fielmente as diretrizes de seu fundador: ética, respeito às pessoas, foco total no cliente e dedicação incansável ao trabalho.